神秘之石不能直接当作装备镶嵌，它的核心用途是开启后获得更高级的神石，再把获得的神石装入对应装备的神石槽。进入庄园，找到神石商人，先确认神石系统已经开放；多数区服以开服满30天作为开启条件，若庄园内没有神石商人或相关按钮，神秘之石暂时无法处理。准备1个天外神石、20个神石精华和20000传奇币，在神石商人界面选择神石淬炼，完成后即可得到1个神秘之石。
获得神秘之石后，打开背包或返回神石商人处选择开启，系统会随机产出可使用的神石；产出的神石再通过神石镶嵌放入装备槽位。常见可镶嵌部位包括盾牌、面纱、勋章、玉佩、疗伤石和斗笠，但不同区服或装备条件可能存在差异，最终以镶嵌界面显示为准。单件装备通常有3个神石槽，前两个槽位可按10000、30000传奇币依次开启，第三个槽位需要50000传奇币，三个槽位合计90000传奇币；部分区服还要求装备达到觉醒或指定品质，未满足条件时即使背包里有神石也不能镶嵌。
资源不足的新区玩家应先保存天外神石、神石精华和传奇币，等神石系统开放后集中淬炼，不要把材料随意兑换成暂时用不上的低级神石。刚开启系统时，优先给长期使用的核心装备开前两个孔，再把神秘之石产出的有效神石装上；只有日常获取量稳定、主装备不会频繁更换时，才建议继续开第三孔。刷怪阶段按照神石说明优先选择能提高输出、清怪速度或对怪收益的属性，参与玩家对战时则优先考虑生命、防御、减伤或针对性抗性。若获得的神石属性与职业路线不合，可在神石商人处回收成神石精华，用于下一轮淬炼。
使用时最容易浪费资源的地方，是把天外神石、神石精华和神秘之石混为一谈，或者直接把神秘之石塞进装备槽；正确顺序应是准备材料—淬炼神秘之石—开启神秘之石—筛选神石—开孔镶嵌。同一种效果的神石最多只有3个生效，超过数量不会继续增加属性；临时装备不宜优先投入90000传奇币开满孔位，频繁更换装备也会造成孔位和传奇币重复消耗。对于战力较低的角色，先保证一件主战装备有2个有效神石即可；中后期再根据刷怪、打boss或pk需求补齐第三孔，整体收益会比平均分散到多件过渡装备上更稳定。